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Comptapolis
Comparatif 2026

Les meilleurs logiciels de comptabilité pour auto-entrepreneur

Les auto-entrepreneurs ont des obligations comptables allégées mais réelles : livre des recettes, facturation conforme, déclaration URSSAF. Ces logiciels sont adaptés au régime micro-entreprise.

Les logiciels recommandés pour ce profil

Nous avons sélectionné les 14 logiciels les plus pertinents pour ce profil parmi notre comparatif complet.

LogicielÀ partir deGratuitPour quiOCRAvis 
Indy
La compta des freelances et professions libérales
Gratuit
Plan gratuit
FreelancesBNC
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Tiime
L'appli comptable des entrepreneurs au quotidien
Gratuit
Plan gratuit
Dirigeants TPESASU
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Fraispro Micro
La gestion et la facturation pensées pour la micro-entreprise
9 HT/mois

Offre à partir de 9 € par mois selon la formule choisie.

Essai 20 j
Micro-entrepreneursAuto-entrepreneurs
À confirmerVoir la fiche →
Dougs (logiciel)
La plateforme comptable de l'expert-comptable en ligne Dougs
49 HT/mois
Clients Dougs
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Freebe
Le logiciel tout-en-un pour auto-entrepreneurs
9 HT/mois
Essai 30 j
Micro-entrepreneursAuto-entrepreneurs
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Henrri
Le logiciel de facturation gratuit pour TPE
Gratuit
Plan gratuit
TPEAuto-entrepreneurs
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Abby
L'appli comptable des auto-entrepreneurs
Gratuit
Plan gratuit
Auto-entrepreneursFreelances débutants
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Superindep
Le compagnon fiscal des indépendants
17 HT/mois
Essai 30 j
Indépendants au réelFreelances
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Shine
Le compte pro avec comptabilité intégrée
7.9 HT/mois
Essai 30 j
Auto-entrepreneursFreelances
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Qonto
La néobanque pro avec facturation intégrée
9 HT/mois
Essai 30 j
TPESAS
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QuickBooks
La référence mondiale de la comptabilité TPE/PME
12 HT/mois
Essai 30 j
TPESAS
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Sinao
Facturation et suivi de gestion pour les petites entreprises
Gratuit

L'offre Free comprend 5 factures de vente et 5 factures d'achat par mois, pour un utilisateur. Les abonnements payants dépendent du profil et du mode de facturation. Consultez la grille correspondant à votre entreprise ; des dépassements et options peuvent être facturés.

Plan gratuit
IndépendantsPetites entreprises de services
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Obat
Devis, factures et suivi de chantier pour le bâtiment
25 HT/mois

Formule Pro pour une micro-entreprise non assujettie à la TVA : 25 € HT/mois avec paiement annuel de 300 €. Les tarifs diffèrent pour les artisans assujettis à la TVA et les TPE/PME. Options et accès équipe à vérifier.

Essai 14 j
Artisans du bâtimentEntreprises de travaux
À confirmerVoir la fiche →
VosFactures
Facturation en ligne, dépenses et suivi des paiements
Gratuit

La formule Micro gratuite est limitée à 3 documents par mois. En paiement annuel, les formules Basique, Standard, Pro et Max sont affichées à 5, 15, 25 et 60 € HT/mois. La formule détermine les fonctions et le nombre d'utilisateurs.

Plan gratuit
Petites entreprisesIndépendants
À confirmerVoir la fiche →

Critères de choix pour ce profil

Les auto-entrepreneurs ont besoin d'un outil simple, qui couvre les trois obligations de base : facturation conforme, livre des recettes et registre des achats, et déclaration URSSAF mensuelle ou trimestrielle.

Critères prioritaires

  • Facturation conforme facturation électronique (obligatoire progressivement).
  • Déclaration URSSAF automatisée : gain de temps réel.
  • Plan gratuit ou très peu cher : le CA d'un AE est par définition plafonné, l'outil doit rester abordable.
  • Application mobile : essentiel pour facturer en déplacement.

Questions fréquentes

Un logiciel de compta est-il obligatoire pour un auto-entrepreneur ?
Non, mais la tenue d'un livre des recettes et d'un registre des achats est obligatoire. Un logiciel simplifie énormément cette tenue et la conformité à la facturation électronique.
Quel logiciel choisir pour une micro-BNC vs micro-BIC ?
Pour une micro-BNC (services), des outils comme Indy ou Superindep sont très pertinents. Pour une micro-BIC (commerce, artisanat), Freebe, Abby ou Tiime sont adaptés.
Le logiciel remplace-t-il un expert-comptable ?
Pour les profils les plus simples, oui. Pour une société ou un LMNP au réel, le logiciel est un outil complémentaire — l'expert-comptable reste recommandé pour certifier les comptes et sécuriser les déclarations.
Peut-on migrer d'un logiciel à l'autre ?
Oui, à condition d'exporter ses données au format FEC (Fichier des Écritures Comptables). Tous les logiciels sérieux proposent cet export standard.

Pas sûr du logiciel adapté ?

Décrivez votre activité en 2 minutes. Nous vous recommandons le logiciel ou l'expert-comptable le plus adapté.