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Comptapolis
Comparatif 2026

Les meilleurs logiciels de comptabilité pour TPE et PME

Les TPE et PME ont besoin d'une comptabilité d'engagement complète avec gestion de la TVA, rapprochement bancaire, clôture annuelle et souvent paie. Ces logiciels répondent à ces exigences.

Les logiciels recommandés pour ce profil

Nous avons sélectionné les 14 logiciels les plus pertinents pour ce profil parmi notre comparatif complet.

LogicielÀ partir deGratuitPour quiOCRAvis 
Pennylane
Le logiciel de gestion financière pour TPE et PME
29 HT/mois
Essai 14 j
SASSARL
Avis vérifiés Globe ReviewsVoir la fiche →
Tiime
L'appli comptable des entrepreneurs au quotidien
Gratuit
Plan gratuit
Dirigeants TPESASU
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Dougs (logiciel)
La plateforme comptable de l'expert-comptable en ligne Dougs
49 HT/mois
Clients Dougs
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Henrri
Le logiciel de facturation gratuit pour TPE
Gratuit
Plan gratuit
TPEAuto-entrepreneurs
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Shine
Le compte pro avec comptabilité intégrée
7.9 HT/mois
Essai 30 j
Auto-entrepreneursFreelances
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Qonto
La néobanque pro avec facturation intégrée
9 HT/mois
Essai 30 j
TPESAS
Avis vérifiés Globe ReviewsVoir la fiche →
Sage 50
Le logiciel comptable historique pour PME
29 HT/mois
Essai 30 j
PMEArtisans
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QuickBooks
La référence mondiale de la comptabilité TPE/PME
12 HT/mois
Essai 30 j
TPESAS
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Sinao
Facturation et suivi de gestion pour les petites entreprises
Gratuit

L'offre Free comprend 5 factures de vente et 5 factures d'achat par mois, pour un utilisateur. Les abonnements payants dépendent du profil et du mode de facturation. Consultez la grille correspondant à votre entreprise ; des dépassements et options peuvent être facturés.

Plan gratuit
IndépendantsPetites entreprises de services
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Sellsy
Facturation, achats et gestion commerciale pour les équipes
39 HT/mois

Prix de référence de Sellsy Facturation Standard : 39 € HT par utilisateur et par mois avec facturation annuelle, soit 468 € HT par an. Les promotions temporaires ne sont pas incluses dans ce prix. Les autres modules et options peuvent augmenter le budget.

Essai 15 j
Équipes administrativesPME de services
À confirmerVoir la fiche →
Regulo
Automatiser les factures d'une boutique Shopify
11 HT/mois

L'éditeur affiche Découverte à 11 € HT/mois pour 100 factures ou avoirs. La fiche Shopify indique une facturation en dollars américains : 12 USD tous les 30 jours pour cette formule. Options, dépassements et conversion de devise sont à prendre en compte.

Essai 14 j
Boutiques ShopifyE-commerçants
À confirmerVoir la fiche →
Axonaut
CRM, facturation et gestion pour les petites entreprises
97 HT/mois

97 € HT/mois pour un utilisateur en paiement mensuel. Le paiement anticipé réduit le coût mensuel équivalent : 58,20 € sur un an, 48,50 € sur deux ans et 38,80 € sur trois ans. Utilisateurs supplémentaires en sus.

Essai 15 j
TPE de servicesAgences
À confirmerVoir la fiche →
Obat
Devis, factures et suivi de chantier pour le bâtiment
25 HT/mois

Formule Pro pour une micro-entreprise non assujettie à la TVA : 25 € HT/mois avec paiement annuel de 300 €. Les tarifs diffèrent pour les artisans assujettis à la TVA et les TPE/PME. Options et accès équipe à vérifier.

Essai 14 j
Artisans du bâtimentEntreprises de travaux
À confirmerVoir la fiche →
VosFactures
Facturation en ligne, dépenses et suivi des paiements
Gratuit

La formule Micro gratuite est limitée à 3 documents par mois. En paiement annuel, les formules Basique, Standard, Pro et Max sont affichées à 5, 15, 25 et 60 € HT/mois. La formule détermine les fonctions et le nombre d'utilisateurs.

Plan gratuit
Petites entreprisesIndépendants
À confirmerVoir la fiche →

Critères de choix pour ce profil

Les TPE et PME ont des obligations comptables complètes (comptabilité d'engagement, bilan, liasse fiscale, TVA, potentiellement paie). Le logiciel doit soit gérer tout cela en autonomie, soit se connecter parfaitement à l'expert-comptable.

Critères prioritaires

  • Comptabilité d'engagement complète : écritures, lettrage, balance.
  • Déclarations TVA automatisées (mensuelles ou trimestrielles).
  • Export FEC pour transmission au cabinet comptable.
  • Multi-utilisateurs : équipes, assistants, cabinet.

Questions fréquentes

Pennylane ou Sage pour une PME ?
Pennylane est plus moderne, cloud-native et mieux adapté aux PME digitalisées. Sage reste pertinent pour les PME industrielles avec des besoins ERP.
Le logiciel remplace-t-il un expert-comptable ?
Pour les profils les plus simples, oui. Pour une société ou un LMNP au réel, le logiciel est un outil complémentaire — l'expert-comptable reste recommandé pour certifier les comptes et sécuriser les déclarations.
Peut-on migrer d'un logiciel à l'autre ?
Oui, à condition d'exporter ses données au format FEC (Fichier des Écritures Comptables). Tous les logiciels sérieux proposent cet export standard.

Pas sûr du logiciel adapté ?

Décrivez votre activité en 2 minutes. Nous vous recommandons le logiciel ou l'expert-comptable le plus adapté.